Emacsの挙動がおかしい

先ほど、CVSから取得して自分でmakeしていたEmacsを削除し、aptでEmacsをインストールしてからなんだかよくわからない動作をするようになった。
症状としては、

• ファイルを編集していると、C-x C-s でセーブするときに結構頻繁に数秒間固まる。
• そこから復帰して次にセーブするときに、

(ファイル名) has changed since visited or saved.  Save anyway? (yes or no) 

と出る。
これだとファイルを編集するときに無駄なストレスを感じてしまうことになり非常に困る。
私の環境は、Emacsはターミナル上で-nwオプションを付けて起動、今日使っていたモードはc-modeとgtags-modeぐらいなのだが…。
まだ上記2つの症状が関連しているのか全く別なのか切り分けもできていない状態。